L'équipe chirurgicale travaille en étroite collaboration avec le Service de Gastro-Entérologie au sein d'une unité médico-chirurgicale. Le service prend en charge l'ensemble des pathologies abdominales comportant : les affections du tube digestif (oesophage, estomac, intestin grêle, colon, rectum, canal anal), les affections hépatiques, biliaires et pancréatiques, les affections de la paroi, du diaphragme et de la rate.
Parallèlement, depuis 1983, l'unité médico-chirurgicale assume un programme de transplantation hépatique.
Enfin, l'activité chirurgicale comprend la chirurgie de l'obésité et la chirurgie néonatale et pédiatrique.
Le Service de Chirurgie digestive s'est considérablement développé et diversifié au cours de ces dernières années. Intégrées et supervisées par deux cliniques (Clinique de chirurgie hépato-bilio-pancréatique et transplantation et Clinique de chirurgie gastro-intestinale), plusieurs unités médico-chirurgicales spécialisées assurent la prise en charge multidisciplinaire de pathologies spécifiques.